Der Hauptunterschied ist der Unterschied im aktiven Material. Das aktive Material der Sekundärbatterie ist reversibel, während das aktive Material der Primärbatterie nicht reversibel ist. Die Selbstentladung der Primärbatterie ist viel kleiner als die der Sekundärbatterie, aber der Innenwiderstand ist viel größer als die der Sekundärbatterie, sodass die Ladekapazität geringer ist.

Außerdem sind die massenspezifische Kapazität und die volumenspezifische Kapazität der Primärbatterie größer als bei herkömmlichen wiederaufladbaren Batterien.

